Hlavný hrdina Alex Mercer nepatrí medzi typických dobrákov. Vypustil totiž v New York City supervírus, ktorý z neho síce urobil nadprirodzene silného mutanta, ale väčšinu obyvateľov premenil v infikované monštrá. Zo svetovej metropoly sa tak stala vojnová zóna, v ktorej sa armáda snaží získať kontrolu. 

Alex Mercer sa stratil 14 mesiacov po tom, ako v New Yorku prepukli boje. Armáda sa pokúša obnoviť poriadok a rozdelila mesto do troch bezpečnostných zón podľa miery infikácie. Červená zóna je najhoršia, tu stále panuje nezvládateľný chaos a vírus má prevahu. 

James Heller je rodený Newyorčan a slúžil ako vojak v Afganistane, či Iraku. Pri prepuknutí vírusu stratil dcéru a ženu, takže je plný zloby a túžby po pomste. Dobrovoľne sa prihlási do služby v červenej zóne. Chce zomrieť a chce so sebou zobrať čo možno najviac mutantov. No James Heller stretne v červenej zóne Alexa Mercera, ktorý ho ihneď premení na to čo sám  Alex je. 

Hlavá mutačná schopnosť Jamesa Hellera je založená na zvláštnych mäsitých šľachách, ktoré vystreľuje a zachytáva nimi akékoľvek objekty, či už sú to autá alebo nepriatelia. Tí sú následne dosť brutálne roztrhaní zvláštnou silou. Ďalšie schopnosti má hrdina podobné tým z prvého dielu.

Podľa mňa je hra Prototype 2 naozaj vysokej kvality, ale nepáči sa mi kratšia kampaň a od Red zone som očakával, že to tam bude krvilačnejšie.